Значительный историко-архитектурный интерес представляет сохранившаяся церковь «Николы Гостинного», строительство которой относится к первой половине XVI века. Сохранив до наших дней свою первоначальную конструктивную основу, характерную для небольших бесстолпных каменных церквей того времени, в своем внешнем облике церковь «Николы Гостинного» имеет черты сооружения позднейшего времени, полученные при последней перестройке в 1848 году. Первоначально фасады простого кубического объема этого храма завершались трёхлопастной кривой с рядом ступенчато расположенных кокошников в основании барабана главы.

В юго-западном углу Коломенского Кремля имеется ещё один храм XVI века. Это шатровая Успенская церковь Брусенского монастыря, построенная по веления Ивана Грозного в ознаменование взятия Казани – последнего оплота татар. В Коломне комплектовалась царская дружина, был созван военный совет, на котором разрабатывался план этого исторического похода русских войск. Успенская церковь сильно перестроена в 1181-1883 годах и утратила прежний свой вид, но как памятник русской славы она, подобно храму Василия Блаженного в Москве, является достопримечательностью Коломны, увековечившей героическое прошлое. В монастыре находится летний Крестовоздвиженский собор (1852-1855) и каменный корпус келий XVIII века.

Рядом с Брусенским монастырем возведена массивная шатровая колокольня. В своей общей композиции она не отличается от шатровых колоколен приходских храмов. Однако сильно увеличенный масштаб выделяет её среди подобных сооружений. Несравненно стройнее была выстроенная в том же XVII веке шатровая колокольня при Никольской церкви.

Но среди построек этого столетия наибольший интерес представляет так называемый воеводский дом, расположенный недалеко от Москвы-реки. В его убранстве применены формы московского барокко. Если нижний этаж почти лишен каких-либо существенных декоративных деталей и даже окон (видимо, служил местом хранения ценного имущества), то верхний богат ими. В ряд поставленные наличники окон образовывали сплошную крупную декоративную полосу. Примененные здесь декоративные формы, выделявшиеся в своё время белым цветом на фоне красных стен, показывают, что зодчий был знаком с лучшими московскими образцами этого стиля. Этот небольшой домик свидетельствует о том, что и среди жилых, обычно деревянных зданий стали чаще строиться каменные, украшенные декоративными деталями.

После заключения Кучук-Кайнарджийского мира в 1774 года Екатерина II посетила Коломну. Она распорядилась привести несколько запущенный город в порядок, для чего туда был послан архитектор М.Казаков со своими помощниками. Он составил план Коломенского кремля, сопроводив его рисунками виднейших зданий города, выстроил архиерейский дом в Кремле, ограды Голутвинского и Бобреневского монастырей, церковь Вознесения, где теперь расположен местный краеведческий музей. Церковь привлекает внимание своим цилиндрическим объемом, увенчанным куполом с люкарными и двухколонными портиками у южного и северного входов. К церкви примыкает трапезная, стена которой покрыта горизонтальными бороздками – рустом. Углы трапезной скруглены, что хорошо связывает её с основным храмом. В обрамлении окон применены «разорванные» фронтончики, что напоминает формы московского барокко.

На Казакова, видимо, произвели большое впечатление древние здания города, так как в его коломенских произведениях появились приемы и формы, восходящие к древнерусскому зодчеству. Особенно сильны эти тенденции в архитектуре архиерейского двора, украшенного башенками и въездными воротами в псевдоготическом стиле. В том же стиле выполнены ограды Голутвинского и Бобреневского монастырей. Особенно хороша ограда Голутвинского монастыря с её ярусными башенками, напоминающими своими уточенными формами минареты. Оба монастыря появились в городе как его форпосты-«сторожа» ещё в ХIV веке.