В крае функционируют восемь морских портов: Новороссийск, Туапсе, Сочи, Анапа, Геленджик, Ейск, Темрюк, Порт-Кавказ, а также речной порт Краснодар. На них приходится до 40% грузооборота всех портов Российской Федерации. Крупнейшие судоходные компании: ОАО "Новороссийское морское пароходство", ОАО "Новошип".